Vraag het Marion! (6)

Een uitstapje naar Laos.

 

We are going on a summer holiday
If you want to go, yo, Sven
We’re going to Laos and New York City
And we take a little piece of Rotterdam (right)

The holiday rap, MC Miker G & DJ Sven

 

We pakken de draad weer op:

Op 16 februari 2022 werd een artikel in Nature gepubliceerd door wetenschappers van het Louis Pasteur Institute.[1] Zij beschrijven een aantal coronavirussen die zij aantroffen in Laos en die nauw verwant zijn aan SARS-CoV-2.  Eén van deze virussen heeft zelfs een grotere genetische overeenkomst met SARS-CoV-2 dan RaTG13, het virus dat in de kopermijn van Mojiang werd aangetroffen. De genetische overeenkomst tussen SARS-CoV-2 en dit virus, BANAL-20-52 (BNL52), is 96,8%, tegenover 96,1% voor RaTG13. Belangrijker is nog dat het Receptor Binding Domain (RBD), het deel van het spike-eiwit dat bindt aan de ACE2-receptor van de (menselijke) cel, vrijwel gelijk is aan die van SARS-CoV-2. Van de 17 aminozuren (bouwsteentjes van eiwitten) die het RBD van BNL52 vormen, zijn er 16 gelijk aan die van SARS-CoV-2.

Verder stellen de onderzoekers aan de hand van hun resultaten dat SARS-CoV-2 opgebouwd is uit delen van andere coronavirussen, als ware het een bouwpakket. Dit fenomeen staat bekend als recombinatie waarbij grote delen van het RNA, als waren het modules, uitgewisseld worden tussen verschillende coronavirussen. Volgens de auteurs van deze studie gebeurt dit niet op willekeurige plaatsen, maar zijn er vaste ‘breekpunten’ in het RNA, waar de ene module eindigt en de volgende begint. De auteurs betogen dat SARS-CoV-2 daarom geen tussengastheer nodig heeft, omdat de unieke kenmerken van het virus ontstaan kunnen zijn door recombinatie. En hoewel de auteurs hier geen uitspraak over doen werd dit door een aantal virologen, waaronder Linfa Wang, als bewijs gezien dat SARS-CoV-2 niet in het laboratorium gecreëerd is.[2] Overigens was BNL52 het enige virus dat nauwer verwant was aan SARS-CoV-2 dan RaTG13, maar dat gold niet voor de andere vier in deze studie beschreven BANAL-virussen.

Wat deze studie aantoont is dat Zuidoost-Azië een regio is waar vele SARS-achtige virussen voorkomen, en er blijkbaar ook coronavirussen circuleren die als twee druppels water lijken op SARS-CoV-2. Maar de vraag die de studie niet beantwoordt is hoe dit virus, of een ander sterk aan SARS-CoV-2 verwant virus, dan in Wuhan terechtkomt. De vleermuis R. sinicus, bij wie deze BANAL-virussen werden aangetroffen, komt niet voor in de regio rondom Wuhan. En als BNL52 zo nauw verwant is aan SARS-CoV-2, waar heeft de laatste dan zijn Furin Cleavage Site (FCS) verkregen? Want geen van de door de auteurs beschreven BANAL-virussen beschikt over een FCS, net zomin als RaTG13 daarover beschikt.

Als gezegd stellen de Franse onderzoekers dat SARS-CoV-2 samengesteld is uit het genetisch materiaal van nauw aan elkaar verwante coronavirussen. Maar bij die coronavirussen komt geen FCS voor.[3] Die zou SARS-CoV-2 dan van een minder nauw verwant coronavirus gekregen moeten hebben. Dat laat zich echter moeilijk rijmen met het feit dat de genetische regio van het spike-eiwit voor BNL52 en SARS-CoV-2 zo sterk met elkaar overeenkomt. Als de genetische module van SARS-CoV-2 die codeert voor het spike-eiwit, met daarin de FCS en de RBD, afkomstig zou zijn van een coronavirus dat slechts in de verte familie is, zou de hele module de kenmerken van dát virus moeten hebben. En dat is niet zo. Die module van SARS-CoV-2 komt zeer sterk overeen met die van RaTG13 en BNL52. De FCS is slechts 12 nucleotiden[4] groot, terwijl de hele module die codeert voor het spike-eiwit volgens de Franse studie iets meer dan 1800 nucleotiden omvat. Juist omdat deze regio tussen SARS-CoV-2 enerzijds en BNL52 en RaTG anderzijds zo sterk overeenkomt, lijkt het alsof iemand met een schaartje de FCS uit een ander virus heeft geknipt en op precies de juiste plaats in SARS-CoV-2 heeft gezet. En dat is precies wat Ralph Baric al in 2006 benoemde als de ‘No See ’m Sites’, en de methodologie beschreef hoe men een synthetisch het genoom van een virus bouwt en op die manier een volledig functioneel virus kan maken. Ook beschrijft hij hoe willekeurig welk gen in het DNA en RNA van virussen en bacteriën kan worden ingebouwd zonder een spoor van genetische manipulatie achter te laten.[5] Als de auteurs van deze studie met hun resultaten laten zien dat SARS-CoV-2 ontstaan zou kunnen zijn uit een recombinatie van RNA-modules van verschillende nauw aan elkaar verwante coronavirussen, hebben ze daarmee, wellicht onbedoeld, ook een sterke aanwijzing geleverd dat SARS-CoV-2 haar FCS niet door recombinatie kan hebben gekregen.

In deze illustratie uit de Franse studie worden de onderlinge genetische verschillen van een aantal virussen weergegeven. Goed te zien is hoe sterk de regio die het spike-eiwit codeert verschilt tussen deze virussen. Hoe dieper de dip, hoe groter het verschil. Maar de gelijkenis tussen SARS-CoV-2, RaTG13 en BNL-52 blijft grofweg 90%, terwijl SARS-CoV- 2 een FCS heeft, en RaTG13 en BNL52 niet. Als SARS-CoV-2 inderdaad zijn FCS van een veel minder verwant gekregen heeft door recombinatie, zou de regio die het spike-eiwit codeert sterk verschillend moeten zijn van RaTG13 en BNL-52. En zoals uit deze illustratie blijkt, is dat niet het geval.

 

Dat Zuidoost-Azië een verzamelplaats is van SARS-achtige virussen kan voor Peter Daszak en Shi Zhengli nauwelijks nieuw zijn geweest. Uit een subsidieaanvraag van EcoHealth Alliance bij de NIAID, voor een project genaamd ‘Understanding the Risk of Bat Coronavirus Emergency’, blijkt dat EcoHealth Alliance al in 2014 actief was in Laos en andere omringende landen. De hoofdonderzoeker van dit project was Peter Daszak, en het was dit onderzoek van EcoHealth Alliance waarvan president Trump de financiering stopzette. De subsidieaanvraag maakt duidelijk hoe de samenwerking tussen de verschillende hoofdpersonen en organisaties georganiseerd werd.

Zo staat als tweede deelnemende onderzoeksinstituut in deze subsidieaanvraag het Wuhan Institute of Virology vermeld, en als vierde het Yunnan Institute of Endemic Diseases Control and Prevention. Yunnan is de Chinese provincie die direct gelegen is aan de grens met Laos. Het lijdt dan ook geen twijfel waar de in Laos verzamelde samples uiteindelijk terechtkwamen: in het WIV. De onderzoeksperiode van het project liep van 2014 tot en met 2019 en uit de voortgangsrapportage van het tweede jaar blijkt dat er in 2014 114 samples waren genomen van vleermuizen in Laos.[6] In de voortgangsrapporten in de jaren daarna wordt Laos echter niet meer genoemd.

Dat EcoHealth Alliance het niet erg nauw neemt met de waarheid mag blijken uit een statement dat via haar officiële Twitterkanaal werd verspreid. Hierin wordt gesteld dat in het onderzoeksvoorstel weliswaar toestemming werd gevraagd om onderzoek in Laos te mogen doen, maar dat EcoHealth Alliance dat uiteindelijk niet heeft gedaan omdat haar prioriteiten in China zouden liggen.

 

Had onderzoek in Laos voor EcoHealth Alliance echt geen prioriteit meer? Dat valt te betwijfelen. Ditmaal was het de organisatie ‘The White Coat Waste Project’ die via een FOIA-verzoek de emailcorrespondentie boven water haalde tussen Aleksei Chmura, stafchef bij EcoHealth Alliance, en Adam Graham, een van de functionarissen van de NIH die de subsidieaanvragen van EcoHealth Alliance beoordeelde. Peter Daszak staat in de cc van deze emails.[7] Op 13 juni 2018 schrijft Chmura aan Graham een email waarin hij het volgende schrijft: “Evenals vorig jaar zullen wij geen middelen uitbesteden aan de [onderzoeks]initiatieven in deze landen. Alle inspanningen in deze landen zullen door samenwerkende partners worden geleverd en niet door ons worden gefinancierd. Hoofdonderzoekers, medeonderzoekers of andere teamleden kunnen korte excursies maken om de markten te evalueren, de daar aanwezige wilde dieren te identificeren en te zorgen voor de verzending van monsters van vleermuizen en andere gastheersoorten met een hoog risico in landen die grenzen aan China (Birma, Vietnam, Cambodja, Laos) en die wilde dieren leveren voor de internationale handel naar China (Thailand, Maleisië, Indonesië).” Op 3 mei 2017 schrijft Chmura aan een andere medewerker van de NIH, naar aanleiding van een vraag wie de kosten voor het testen gaat dragen, dat ‘alle kosten voor het testen voor rekening komen van het Wuhan Institute of Virology in China – onze huidige [door u] goedgekeurde partner in dit onderzoeksproject’. Verderop in de verkregen documenten wordt ook gesteld dat alle samples naar Wuhan zullen worden gestuurd.[8] Het heeft er dan ook alle schijn van dat EcoHealth Alliance ook na 2014 nog in Laos onderzoek heeft gedaan, of heeft laten doen door lokale medewerkers.[9]

RaTG13 en haar acht andere SARS-achtige familieleden

Een groot deel van het hiernavolgende is ontleend aan hoofdstuk tien van het boek van Alina Chan en Matt Ridley.[10] Ik heb de relevante wetenschappelijke artikelen en de oorspronkelijke twittorials van Alina Chan en Francisco de Ribera (opnieuw) doorgenomen, omdat mij na het lezen van het hoofdstuk niet geheel duidelijk was hoe en wanneer de informatie over RaTG13 en acht nauw aan haar verwante coronavirussen boven water kwam. Dat overzicht heb ik nu wel, en met behulp van dit hoofdstuk heb ik geprobeerd om sommige details te verduidelijken en aan te vullen met gegevens uit het bronmateriaal zelf.

Want hoe zat het ook alweer met de acht andere, nauw aan RaTG13 en dus ook aan SARS-CoV-2 verwante coronavirussen, die ook afkomstig bleken te zijn uit de oude kopermijn van Mojiang? In het artikel van Shi Zhengli waarin SARS-CoV-2 voor het eerst werd beschreven, stond wel een verwijzing naar RaTG13 als nauwst verwant familielid van SARS-CoV-2, maar werd niet vermeld waar en wanneer dit virus werd gevonden. Ook bleef onvermeld dat RaTG13 één en hetzelfde virus was als BtCoV/4991,[11] het virus dat in 2013 in de kopermijn van Mojiang werd aangetroffen, de plek waar in 2012 zes mijnwerkers ernstig ziek werden met klachten passend bij een SARS-achtig ziektebeeld. Elf maanden na het verschijnen van het artikel van Shi Zhengli in Nature werd een addendum bij het artikel gepubliceerd waarin de herkomst van RaTG13 alsnog werd opgehelderd, en bevestigd werd dat dit hetzelfde virus was als BtCoV/4991. Ook erkenden de auteurs dat het genoom van RaTG13 al in 2017/ 2018 uitvoerig was geanalyseerd en niet pas in 2020, zoals het oorspronkelijke artikel suggereerde en ook Peter Daszak liet weten. Tevens wordt in dit addendum benoemd dat de oude kopermijn van Mojiang van 2012 tot 2015 één tot twee keer per jaar bezocht werd door een onderzoeksteam van het WIV en dat er bij deze onderzoeksmissies nog acht SARS-like virussen werden gevonden.[12] Overigens zonder iets te zeggen over de mate van verwantschap van deze acht virussen aan SARS-CoV-2 of RaTG13, laat staan dat het volledige genoom van zelfs maar één van deze acht virussen gepubliceerd werd.

Maar waarom gaf Shi Zhengli als directeur van het WIV en laatste auteur bij het artikel in Nature, nu pas deze informatie vrij, bijna een jaar na het ontstaan van de pandemie? Of had ze geen andere keus meer dan deze informatie naar buiten te brengen, ongetwijfeld met de vereiste toestemming van de Chinese Staatsraad?

Als gezegd, het artikel van Shi Zhengli in Nature van 3 februari 2020 wekt de indruk dat het volledige genoom van RaTG13 virus pas geanalyseerd werd na de uitbraak van SARS-CoV-2. Dat werd bevestigd door Peter Daszak ten overstaan van The Sunday Times. Daszak stelde dat van het genoom van de verschillende virussen die in 2013 werden aangetroffen in de kopermijn van Mojiang, slechts een klein deel geanalyseerd was. En omdat dit kleine deel – het RdRp-gen – te weinig overeenkomsten had met SARS, waren de samples in de vriezer gestopt en was er verder niets meer mee gedaan. Volgens Daszak werden die samples pas weer uit de vriezer gehaald na de uitbraak van SARS-CoV-2, om ze hiermee te vergelijken. En dát was het moment, zo zei Daszak, dat de Chinese onderzoekers van het WIV ontdekten dat RaTG13 het dichtstbijzijnde familielid van SARS-CoV-2 was.[13]

Voor een goed begrip van het hiernavolgende deel is het nodig om uit te leggen dat er twee belangrijke technieken zijn voor het bepalen van de nucleotidenvolgorde van DNA of RNA. Anders gezegd: het bepalen van de volgorde van de kralen aan de kralenketting van het DNA of RNA. De DNA- en RNA-ketting is opgebouwd uit vier verschillende kralen: voor DNA zijn dit A, T, C en G, en in RNA wordt de T vervangen door een U.

Intermezzo

Als het genoom van een virus ontleed wordt, heeft men in feite een pan soep met kortere of langere stukjes van de kralenketting. De volgorde van de kralen in al die kleine stukjes kan bepaald worden met een methode die Next Generation Sequencing (NGS) heet. Elk stukje DNA of RNA waarvan de kralenvolgorde bepaald wordt heet een ‘read’. Daarna kan met behulp van een computerprogramma geprobeerd worden om deze stukjes op de juiste volgorde achter elkaar te leggen. Dat kan alleen als er voldoende overlap is tussen de verschillende stukjes van de kralenketting. Maar vaak lukt dat niet goed, omdat er stukjes van de kralenketting missen. Na de NGS beschikt men dan ook over veel langere stukken van de kralenketting, maar het lukt nog niet om ze allemaal op de juiste volgorde achter elkaar te leggen. Dan komt de tweede methode in beeld, waarbij juist die stukjes van de kralenketting vermeerderd worden die aan het uiteinde van de langere stukken zitten. Dit wordt gedaan met behulp van de PCR. Want als die ontbrekende stukjes van de kralenketting na de NGS in de oorspronkelijke soep van korte stukjes zo weinig voorkwamen dat ze niet zichtbaar waren, kunnen ze alsnog ‘zichtbaar’ gemaakt worden door hun aandeel in de soep fors toe te laten nemen. Daarna kunnen de nog ontbrekende stukjes van de kralenketting alsnog ingevuld worden, zodat de kralenketting compleet is. De producten van deze tweede methode worden ‘amplicons’ genoemd.[14]

RaTG13

Ik ga terug naar RaTG13, waarvan het complete genoom volgens Shi Zhengli en Peter Daszak pas in 2020 was geanalyseerd. Dat zou passen bij de datum van 19 mei 2020, de dag waarop de amplicons van RaTG13 werden geüpload naar GenBank. Maar onderzoekers van DRASTIC, Francisco de Ribera en een anoniem lid genaamd Babarlelephant, analyseerden de samples en ontdekten al snel dat de amplicons niet van 2020 dateerden, maar van 2017 en 2018. Zij deelden hun bevindingen op Twitter en trokken daarmee de aandacht van Alina Chan. Zij vergeleek de amplicons met de ‘reads’ van RaTG13, en ontdekte dat het merendeel van de amplicons de ontbrekende stukjes invulde die overgebleven waren na de NGS. En dat suggereert dat de NGS van RaTG13 al eerder uitgevoerd werd dan het tijdstip waarop de amplicons geanalyseerd werden. Met andere woorden, het hele genoom van RaTG13 werd al geanalyseerd vóór, en niet ná de uitbraak van SARS-CoV-2 in 2020. De samples van RaTG13 hadden niet tot in 2020 onaangeroerd in de vriezer gelegen omdat ze ‘niet interessant waren’, zoals Daszak beweerde. Die gedachtegang van de onderzoekers van DRASTIC en Alina Chan werd nog dezelfde maand bevestigd door Shi Zhengli zelf, toen zij ten overstaan van Science Magazine liet weten dat de NGS van RaTG13 in 2018 was uitgevoerd.[15] [16] De publicatie over de alter ego van RaTG13, BtCoV/4991 dateert van 2016, waarmee duidelijk werd dat in de twee jaren erna het volledige genoom van RaTG13 bepaald werd, en niet pas in 2020.

Maar er was nog iets opvallends aan de amplicons van RaTG13, ontdekte Francisco de Ribera. De Ribera was tot aan de coronacrisis industrieel ingenieur en bleek een duivelskunstenaar in het omgaan met grote databestanden. Uit ervaring wist hij dat bij controle van de bedrijfsadministratie scherp gelet wordt op ontbrekende factuurnummers, omdat daar waar een nummer ontbreekt, er waarschijnlijk een factuur verdwenen is. En dus legde hij een Exceldatabase aan waarin hij alle beschikbare informatie over virussamples van het WIV vastlegde, zoals die in wetenschappelijke publicaties, lezingen en genetische databases terug te vinden waren.38 Daarbij stuitte hij op een artikel geschreven door Alice Latinne, een wetenschapper werkzaam voor EcoHealth Alliance, met als medeauteurs Linfa Wang, Peter Daszak en Shi Zhengli. In het artikel wordt beschreven hoe coronavirussen zich verspreiden en in hun evolutie overspringen van de ene vleermuissoort naar de andere. Maar het belangrijkste is dat in dit artikel een gedeelte van het genoom – wederom het RdRP-gen – van 630 nieuwe coronavirussen wordt beschreven. De samples van deze coronavirussen werden verzameld in de periode van 2010-2015.[17] Het artikel werd op 6 oktober 2019 voor publicatie aangeboden, nog voor het officiële begin van de uitbraak, en op 31 mei 2020 als pre-print online geplaatst. Het artikel werd uiteindelijk gepubliceerd op 25 augustus 2020. Bij dit artikel hoort een database met virussamples die geüpload werd naar GenBank, en al verwerkt werd op 7 november 2019. Deze gegevens mochten echter niet openbaar gemaakt worden voor 1 juni 2020, een dag nadat de pre-print online werd gezet. Waarom die datum belangrijk is, komt later nog aan de orde.

De Ribera vond in de gegevens van deze upload een inconsistentie voor een virussample met het nummer 7896. Dit omdat enkele reads van RaTG13 uit 2017/ 2018 ook dit samplenummer bleken te hebben. Dit terwijl de meeste reads van RaTG13 onder de eigen naam geregistreerd werden. De Ribera begreep het niet. Blijkbaar was er een relatie tussen RaTG13 enerzijds en de virussample met het nummer 7896 in de database van Latinne et al. anderzijds. Maar wat was die relatie? Hij vroeg het aan Alina Chan naar aanleiding van een Twittorial, waarin zij uit de doeken deed dat RaTG13 al in 2017/ 2018 uitgebreid geanalyseerd was, en niet pas in 2020. Chan wist het antwoord niet, maar de anonieme Babar the Elephant wel. Hij had een ‘phylogenetic tree’ gemaakt, feitelijk een virusstamboom, van alle virussamples die in de database van Latinne et al. voorkwamen. Daarmee viel een puzzelstukje op zijn plaats. In deze virusstamboom stond dicht bij SARS-CoV-2 en RaTG13 een groep van acht coronavirussen, waarvan virussample 7896 er een was. Maar hoewel er blijkbaar een nauwe relatie was van deze groep van acht virussen met RaTG13 en SARS-CoV-2, werd dit niet in het artikel van Latinne genoemd. De Ribera vroeg Daszak op Twitter vriendelijk om opheldering, maar hij antwoordde niet en blokkeerde De Ribera.

Die reactie van Daszak maakte De Ribera nog vasthoudender. Hij zocht minutieus uit waar en wanneer welke virussamples afgenomen waren. De samples die werden genomen bij iedere expeditie naar een mijn of vleermuizengrot bleken gecodeerd te worden door een opeenvolgende groep van serienummers. Maar het lukte hem niet om de complete data van de trips te achterhalen. Wederom schoot The Seeker te hulp. Hij wees De Ribera erop dat de Chinese tegenhanger van GenBank, de Chinese National Genomics Data Center (ook wel BigD genoemd), meer details bevat over de data en locaties waarop de verschillende samples verzameld werden. Hij verzekerde De Ribera dat de sample met het nummer 7896 op 30 april 2015 in Yunnang was afgenomen, en twee maanden voor het verschijnen van de pre-print van Latinne was geüpload naar deze Chinese databank. Het combineren van de data uit BigD en zijn eigen verzamelde data leidde ertoe dat hij serie samples kon identificeren met de nummers 7895 tot en met 7966, die verzameld moesten zijn tijdens één expeditie naar Yunnang. De vleermuizen waarvan de samples afkomstig waren, pasten goed bij de vleermuizensoorten die in de kopermijn van Mojiang leven. De Ribera raakte er langzaam maar zeker van overtuigd dat het hier moest gaan om een groep van acht nauw aan RaTG13 verwante virussen die in 2015 waren ontdekt in de mijnschachten van Mojiang, twee jaar nadat op dezelfde plaats RaTG13 werd gevonden. Enkele maanden nadat De Ribera zijn bevindingen deelde op Twitter, publiceerde Shi Zhengli het addendum bij het artikel in Nature waarin SARS-CoV-2 voor het eerst beschreven werd. Het maakte duidelijk dat de conclusies van De Ribera naar alle waarschijnlijkheid juist waren: Shi Zhengli noemde in het addendum een groep van in totaal negen ‘SARS-like’ bèta-coronavirussen, afkomstig uit de oude kopermijn van Mojiang, waarvan RaTG13 er één was. Waarom Shi pas op dat moment, in november 2020, voor het eerst melding maakte van het bestaan van deze andere acht SARS-achtige coronavirussen is de vraag, maar het is goed mogelijk dat ze het bestaan ervan niet langer kon verzwijgen, gezien de informatie die De Ribera boven water had gehaald.40

Maar hoewel het voor de hand lag dat de acht coronavirussen in de virusstamboom van Barbar the Elephant dezelfde acht virussen waren als Shi Zhengli in het addendum noemde, was het definitieve bewijs hiervoor nog niet geleverd. Dat bewijs leverde Shi alsnog zelf in een webinar georganiseerd door de Franse Academie voor Geneeskunde en de Academie Veterinaire de France. In haar presentatie liet ze een slide zien met daarop de acht coronavirussen, met exact dezelfde samplenummers als in de virusstamboom van Barbar the Elephant zoals hij die had gereconstrueerd uit de database behorende bij het artikel van Latinne et al. De slide suggereerde ook de vleermuissoort waarbij deze samples werden afgenomen: de virussen werden aangeduid met de afkorting RA; R. Affinis, de vleermuissoort waarbij ook RaTG13 werd aangetroffen. Hoewel Shi in de webinar de bewuste virussen niet noemde, bevestigde ze stilzwijgend alsnog wat De Ribera al met zijn speurwerk had gevonden.

Daarna liet ze deze slide nog een aantal keren zien tijdens lezingen en webinars, maar veranderde ze meerdere keren de details. Twee weken na de bovengenoemde webinar sprak ze op een conferentie van de European Scientific Group on Influenza. Hier liet ze de ongewijzigde slide zien met de virusstamboom, maar op een andere slide gaf ze een belangrijke aanwijzing voor de origine van de groep virussen. Bij twee van hen stonden als plaats van sampling de kopermijn van Mojiang vermeld. Maar er was nog iets opvallends te zien. Volgens de stamboom die Shi presenteerde waren er twee van de acht virussen nagenoeg gelijk aan elkaar, maar wel duidelijk verschillend van de andere zes. Ook Barbar the Elephant’s virusstamboom liet zien dat twee samples verschilden van de andere zes, waarbij één van de beide samples gelijk was aan de stamboom van Shi, maar de andere niet. Op basis van welke data en met welk model Shi haar virusstamboom had samengesteld werd niet duidelijk, maar naar aanleiding van deze discrepantie werd de vraag gesteld om het volledige genoom van de acht virussen vrij te geven. Zonder succes.

Nog weer twee maanden later, op 24 februari 2021, sprak ze op een webinar met de naam ‘Dangerous Liasons’, georganiseerd door de universiteit van Hong Kong. Ze liet opnieuw de slide zien waarop in de vorige presentatie te zien was dat de kopermijn van Mojiang de plaats van herkomst was van twee van de acht virussen, maar die informatie was nu verdwenen. Weer een maand later gaf ze een presentatie met een soortgelijke slide, waarop de plaats van herkomst van alle virussen in de virusstamboom werd gegeven, behalve van de groep van acht SARS-achtige virussen. En nu was ook de vleermuissoort waarbij de samples afgenomen waren voor zeven van de acht samples veranderd. Het zou nu niet meer gaan om de vleermuissoort bij wie RaTG13 werd aangetroffen, R. Affinis, maar om een andere soort, R. Stheno. Slechts één sample, opvallenderwijs de ene sample die zowel in de virusstamboom van Barbar the Elephant als die van Shi afweek van de overige zeven, zou afgenomen zijn bij R. Affinis.

Ik ga terug naar het artikel van Latinne et al. waarin ook de relatie van RaTG13 met SARS-CoV-2 wordt genoemd. Dat was op het moment van publicatie allang geen nieuwe informatie meer dankzij het speurwerk van DRASTIC, zoals uitgebreid besproken werd in deel twee van deze serie. Maar ondanks de nauwe verwantschap van de groep van acht SARS-achtige virussen met zowel RaTG13 als ook SARS-CoV-2, maken Latinne et al. hier geen woord aan vuil. In de figuur waarin de relatie tussen de verschillende Sarbecovirussen wordt getoond, is met veel moeite een groep van acht virussen te zien die nauw verwant zijn aan SARS-CoV-2 en RaTG13, maar deze groep wordt niet apart gelabeld en wordt in het artikel verder ook niet besproken.

 

De vraag is wat we nu zouden weten als de anonieme DRASTIC-onderzoeker Barbar the Elephant niet de moeite had genomen om virusstamboom samen te stellen uit de database van Latinne et al. Hoogstwaarschijnlijk zou de relatie van deze acht virussen met RaTG13 en SARS-CoV-2 nooit gelegd zijn, aangezien de acht gensequenties een speld in een enorme berg van data waren, zoals Chan en Ridley in hun boek stellen. En de conclusie van Chan en Ridley is dan ook dat als EcoHealth Alliance de database niet geüpload had naar GenBank, de Chinezen waarschijnlijk nooit iets over deze acht coronavirussen naar buiten hadden gebracht.

En daarmee wordt misschien duidelijk waarom er negen maanden zaten tussen het aanbieden van het manusscript van Latinne et al. voor publicatie en de datum waarop de pre-print online werd geplaatst. Als gezegd; het manusscript van Latinne et al. werd al op 6 oktober 2019 aangeboden voor publicatie, maar het artikel werd uiteindelijk pas op 31 mei 2020 online geplaatst. En dat was één dag voordat het embargo op het openbaar maken van de bijbehorende database afliep, terwijl die database ook al op 7 november 2019 geüpload werd naar GenBank.

Was dit wellicht omdat de Chinezen zich realiseerden dat er geen weg terug meer zou zijn, omdat op het moment dat COVID19 uitbrak, het artikel al voor publicatie aangeboden was? En dat ze er daarom niet aan zouden ontkomen om ook de database te uploaden naar GenBank? En zich op dat moment realiseerden dat het WIV niet in goed daglicht zou komen te staan als bleek dat negen van de nauwst aan SARS-CoV-2 verwante virussen in het WIV geanalyseerd werden? Men kon niet simpelweg de acht virussen weglaten, omdat het totale aantal al in het artikel was genoemd. Was dit de reden om voor zowel het artikel als ook de database een embargo van negen maanden in te stellen? In de hoop dat tegen die tijd zowel het artikel als ook de database wellicht vergeten zouden zijn, en de storm over de origine van SARS-CoV-2 geluwd zou zijn? De inspanningen de Chinezen zich getroostten om de zoönose als enig juiste theorie naar voren te schuiven passen goed bij deze gedachtengang.

Want hoe zou de wereld gedacht hebben over de mogelijkheid van een lab-leak, als begin 2020 bekend zou zijn geworden dat negen van de meest aan SARS-CoV-2 verwante virussen, inclusief RaTG13, geanalyseerd waren in het WIV? Zeker in aanmerking genomen dat alle negen virussen afkomstig waren uit een oude kopermijn, duizenden kilometers verderop, die van 2012 tot en met 2015 meerdere malen werd bezocht door het onderzoeksteam van Shi Zhengli in samenwerking met EcoHealth Alliance? Waarbij het project gefinancierd werd met Amerikaans belastinggeld? De oude kopermijn waarin 2012 zes mijnwerkers ernstig ziek werden met een SARS-achtig ziektebeeld na het opruimen van de uitwerpselen van vleermuizen?

En wellicht nog de belangrijkste vraag: was de wereld dit te weten gekomen zonder het intensieve speurwerk van De Ribera, met enige hulp van een anonieme twitteraar genaamd Barbar the Elephant?

Het heeft er dan ook alle schijn van dat Shi Zhengli uiteindelijk gedwongen werd op te biechten dat deze acht virussen bestonden en afkomstig waren uit de kopermijn van Mojiang. Uiteindelijk publiceerde ze het volledige genoom van een van de acht virussen, dat RaTG15 werd genoemd. Dit virus zou minder sterk aan SARS-CoV-2 verwant zijn dan RaTG13, en het zou nauwelijks verschillen van de andere zeven. Maar dat is in tegenspraak met zowel de stamboom van Barbar the Elephant als ook die van Shi zelf; het gaat namelijk juist om de ene sample met het nummer 7909, dat in beide stambomen afwijkt van de andere zeven samples. We zullen Shi hier dus op haar woord moeten geloven, want tot nu toe is het volledige genoom van de andere zeven virussen uit deze groep niet gepubliceerd. En wellicht is het woord van Zhengli minder waard dan Koopmans ons wil doen geloven.

Het was dus niet te danken aan Peter Daszak of Shi Zhengli dat al de informatie over de acht SARS-achtige virussen naar buiten kwam. Beiden zwegen hierover als het graf, en het was aan het intensieve speurwerk van een, door de coronacrisis werkloos geworden, industrieel ingenieur te danken dat deze informatie toch naar boven werd gehaald. Net zomin het aan Daszak en Shi te danken was dat ontdekt werd dat RaTG13 hetzelfde virus was als BtCoV/4991; bij de laatste aanduiding kon wel een relatie met de mijnschacht van Mojiang worden gelegd, bij de eerste niet. En ook dit erkende Shi pas op het moment dat er dankzij DRASTIC geen ontkennen meer aan was. En zelfs op het moment dat alle informatie over de acht virussen al op straat lag, liet ze in het addendum na de exacte verwantschap met SARS-CoV-2 te benoemen.

Een en ander is niet geheel in overeenstemming met wat Marion Koopmans ons wil doen geloven: dat de Chinezen open en transparant zijn over het door hen uitgevoerde onderzoek, en dat zij alle in hun bezit zijnde data zonder restricties ter beschikking stellen aan onafhankelijke wetenschappers. Integendeel.

Nogmaals DRASTIC: De Ribera en The Seeker.

De laatste puzzelstukjes met betrekking tot de acht SARS-achtige virussen vielen op hun plaats nadat een anonieme bron The Seeker en De Ribera vier Chinese proefschriften bezorgde met Shi Zhengli als promotor (promotiebegeleider). Twee daarvan hadden als onderwerp de mijnschachten van Mojiang en de groep van acht SARS-achtige virussen. Het eerste proefschrift uit 2014, geschreven door een zekere Ning Wang, noemt het verhaal van de zes zieke mijnwerkers en bevestigt dat er al in 2012 uitgebreid samples werden genomen van vleermuizen in de oude kopermijn van Mojiang. Het tweede proefschrift van Yu Ping uit 2019 beschrijft de sampling op SARS-achtige coronavirussen van vleermuizen in twintig provincies in China, in de periode 2011-2016. Er werden 170 van deze virussen gevonden, waarvan het overgrote deel in Yunnan. De conclusie van het proefschrift was dat deze SARS-achtige coronavirussen geografisch geclusterd waren en niet zozeer aan een bepaalde vleermuissoort gebonden zijn. De SARS-achtige virussen die gebruik maakten van de ACE-2 receptor werden alleen in Yunnan gevonden. Met andere woorden, het was onwaarschijnlijk dat een coronavirus met die eigenschap gevonden zou worden in de provincie Hubei, waarvan Wuhan de hoofdstad is. Dat bevestigde Shi Zhengli in haar antwoorden op de vragen die haar door Science Magazine waren gesteld: ondanks vele jaren surveillance in Hubei, waarbij vele vleermuizen gesampled werden, werd geen enkel SARS-achtig coronavirus gevonden. Laat staan een SARS-achtig virus dat gebruik maakt van de ACE-2 receptor.[18]

Het belang van het laatste proefschrift is dat erin beschreven wordt dat er vier SARS-achtige virussen geselecteerd werden waarvan het genoom volledig zou worden gekarakteriseerd. Een daarvan was het al bekende BtCoV/4991, alias RaTG13. Wederom werd hiermee bevestigd dat RaTG13 niet achteloos in de vriezer werd gelegd. Een ander virus had de naam Rs8561, maar over dit virus werd nooit iets gepubliceerd, en het is onduidelijk wat hiermee is gebeurd. Maar het proefschrift liet ook zien dat er al veel meer onderzoek was gedaan naar de genetische kenmerken van de acht SARS-achtige coronavirussen. In de database behorend bij het artikel van Latinne werden alleen de RNA-sequenties van het RdRp-gen beschreven, maar het proefschrift laat zien dat van de verschillende virussen uit deze groep een veel groter deel van het genoom bepaald werd. Die informatie is niet terug te vinden in de database van Latinne et al. De conclusie moet dan ook zijn dat het WIV al veel meer onderzoek gedaan had naar deze acht SARS-achtige coronavirussen dan men wilde doen voorkomen.

Maar het allerbelangrijkste is nog wel dat het proefschrift laat zien dat de wetenschappers van het WIV de SARS-achtige virussen door de jaren heen in vier verschillende groepen indeelden. SARS behoort tot de eerste groep. En hoewel SARS-CoV-2 in 2019 nog niet uit de coulissen was getreden, weten we nu dat deze tot de vierde groep behoort. Op het moment van schrijven van het proefschrift waren er slechts negen virussen die tot de vierde groep behoorden: RaTG13 en de acht andere SARS-achtige virussen. De virussen die tot deze groep behoorden, werden slechts in een provincie gevonden: Yunnan.

Maar dan gebeurt er iets geks: voorafgaande aan haar uiteindelijke promotie publiceert Yu Ping een artikel in het tijdschrift Infection, Genetics and Evolution. Het manuscript wordt voor publicatie aangeboden in november 2018, en gepubliceerd in februari 2019.[19]De afbeelding van de stamboom en de kaart van China zijn een replica van de figuur uit het proefschrift, op één detail na. In het artikel ontbreekt de vierde groep bestaande uit RaTG13 en de andere acht SARS-achtige virussen. Het artikel maakt geen melding van RaTG13, geen melding van BtCoV/4991 en geen melding van de acht andere virussen behorende tot de 7896-groep. Iedere aanwijzing die zou kunnen doen vermoeden dat er een verband is tussen de zes mijnwerkers die ernstig ziek werden in de kopermijn van Mojiang enerzijds, en BtCoV/4991 – alias RaTG13 – en de andere acht SARS-achtige coronavirussen anderzijds wordt zorgvuldig vermeden. Waarom werd deze informatie al in in 2019, nog voor het begin van de pandemie, verborgen gehouden?

 

En terwijl het doel van de uitgebreide surveillance op SARS-achtige coronavirussen is om een pandemie met een SARS-achtig virus te voorkomen, verzwijgen de wetenschappers van het WIV ook na de uitbraak het bestaan van negen SARS-achtige coronavirussen die het meest verwant zijn aan SARS-CoV-2. En gebeurde niet alleen in dit artikel dat gepubliceerd werd voor het begin van de pandemie, maar ook in het artikel van Shi Zengli in Nature van 3 februari 2020, de eerste publicatie over SARS-CoV-2, en eveneens in het artikel van Latinne dat op 31 mei 2020 als pre-print verscheen. Negen SARS-achtige virussen die uitgebreid werden onderzocht in het WIV maar waarover niets gepubliceerd werd en oorverdovend gezwegen werd. Zowel vóór het begin van de pandemie als er na. Uitgezonderd RaTG13, maar dit virus had een naamsverandering ondergaan, zodat niet duidelijk was wat de herkomst van dit virus was, en over de herkomst werd verder ook geen specifieke informatie gegeven, behalve dat deze aangetroffen was in Yunnan. Wat precies de origine van RaTG13 was, en wat de relatie was met de zes zieke mijnwerkers in 2012, werd pas duidelijk door het speur- en graafwerk van DRASTIC. Het heeft er dan ook meer dan de schijn van dat Shi Zhengli, al of niet daartoe gedwongen door de Chinese overheid, geprobeerd heeft het bestaan van deze groep van acht virussen tot het uiterste geheim te houden.

Want waarom wilde Shi in de eerste publicatie over SARS-CoV-2 in Nature de indruk wekken dat zij pas na de uitbraak tot de ontdekking kwam dat er een virus in de vriezer van het WIV lag dat als twee druppels water op SARS-CoV-2 leek? En waarom noemde zij in dit artikel dat van dit virus tot dan toe slechts een klein deel van het genoom was onderzocht, het RdRP-gen, terwijl nu duidelijk is dat al in 2018 het hele genoom geanalyseerd werd? En waarom zei Daszak dat dit virus in 2013 in de vriezer was gelegd en er pas weer in 2020 uitgehaald was, na het begin van de pandemie, terwijl nu duidelijk is dat juist dit virus al in 2017/ 2018 uitgebreid werd onderzocht? Waarom werd het bestaan van acht sterk aan RaTG13/ alias BtCoV/4991 verwante SARS-achtige coronavirussen verzwegen, en werd verzwegen dat RaTG13 hetzelfde virus was als BtCoV/4991? Was het omdat BtCoV/4991 direct gelinkt kon worden aan de zes zieke mijnwerkers en RaTG13 niet? Waarom werd niet benoemd dat het genoom van deze acht virussen veel uitgebreider werd onderzocht dan de database van Latinne et al. suggereerde, waarin alleen een beperkt deel van het genoom van deze virussen werd gerapporteerd? Het zijn vragen die alleen Shi Zhengli met zekerheid kan beantwoorden, aangezien volgens een voormalig staflid van EcoHealth Alliance Peter Daszak maar zeer beperkt zicht had op wat er in het WIV gebeurde.[20]

Is dit de transparantie en het open wetenschappelijke klimaat waar Marion Koopmans op doelt als zij zegt dat zij tijdens de onderzoeksmissie naar Wuhan met haar Chinese collega’s ‘lekker over de inhoud heeft gepraat’? Is Marion Koopmans werkelijk zo naïef? Hoe geloofwaardig is Koopmans nog als zij zegt dat SARS-CoV-2 een zoönose is, in het licht van alle bovenstaande feiten? Waarom heeft Koopmans over deze voor eenieder toegankelijke informatie nooit opheldering gegeven? Want het kan niet ontkend worden dat Koopmans graag en veel over alle mogelijke aspecten van de coronacrisis praat, ook over sociaalmaatschappelijke aspecten waar ze niets van begrijpt, maar hier desondanks geen enkele belemmering in ziet om haar mening veelvuldig en breeduit te verkondigen. Behalve als het gaat om de mogelijkheid van een lab-leak. Dan weet het hoofd van het Rotterdamse Viroscience opeens niet anders uit te brengen dan dat ze de die vraag ‘inmiddels behoorlijk irritant’ begint te vinden.[21] En de Nederlandse media stellen haar geen moeilijke vragen, maar nemen kritiekloos alles over dat door het virologisch orakel aan de Maas wordt uitgespuwd. Aangevoerd door de sterschrijver van de fabeltjesvolkskrant, de krant waarvan de klok op de redactie gelijk loopt met die van de Chinese Staatsraad.

Wordt wederom vervolgd.

 

 

[1] Temmam, S., Vongphayloth, K., Baquero, E. et al. Bat coronaviruses related to SARS-CoV-2 and infectious for human cells. Nature 604, 330–336 (2022). https://doi.org/10.1038/s41586-022-04532-4
[2] Closest know relatives of virus behind COVID-19 found in Laos. Nature News, 24 September 2021
[3] Wu Y, Zhao S. Furin cleavage sites naturally occur in coronaviruses. Stem Cell Res. 2020 Dec 9;50:102115. doi: 10.1016/j.scr.2020.102115.
[4] Nucleotiden zijn de bouwsteentjes van het RNA, het best te vergelijken met een kralenketting waarbij er vier verschillende kralen zijn waaruit gekozen kan worden.
[5] Synthetic Viral Genomics: Risks and Benefits for Science and Society. Ralph S. Baric, University of North Carolina at Chapel Hill.
[6] Understanding the Risk of Bat Coronavirus Emergency. Grant Application Number: 1R01AI110964-01. https://theintercept.com/document/2021/09/08/understanding-the-risk-of-bat-coronavirus-emergence/
[7] White Coat Waste Project. https://blog.whitecoatwaste.org/2021/12/07/from-laos-to-wuhan-wcw-foia-investigation-sheds-light-on-pandemics-origins/
[8] Understanding the Risk of Bat Coronavirus Emergence. Grant Number 1R01AI110964-01.
[9] The Covid lab leak theory just got even stronger. The Spectator; 20 November 2021.
[10] Viral: the search for the origin of covid-19. Alina Chan & Matt Ridley. Harper Collins UK, November 16.
[11] Zhou, P., Yang, XL., Wang, XG. et al. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature 579, 270–273 (2020). https://doi.org/10.1038/s41586-020-2012-7
[12] Zhou, P., Yang, XL., Wang, XG. et al. Addendum: A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature 588, E6 (2020). https://doi.org/10.1038/s41586-020-2951-z
[13] Revealed: Seven-year coronavirus trail from mine deaths to a Wuhan Lab. The Sunday Times; July 4 2020.
[14] Viral: the search for the origin of covid-19. Alina Chan & Matt Ridley. Harper Collins UK, November 16.
[15] Reply to Science Magazine, answer to question 7. Shi Zhengli; https://www.science.org/pb-assets/PDF/News%20PDFs/Shi%20Zhengli%20Q&A-1630433861.pdf
[16] Wuhan Coronavirus Hunter Shi Zhengli Speaks Out. Science Magazine; 24 July 2020.
[17] Latinne, A., Hu, B., Olival, K.J. et al. Origin and cross-species transmission of bat coronaviruses in China. Nat Commun 11, 4235 (2020). https://doi.org/10.1038/s41467-020-17687-3
[18] Reply to Science Magazine, answer to question 7. Shi Zhengli; https://www.science.org/pb-assets/PDF/News%20PDFs/Shi%20Zhengli%20Q&A-1630433861.pdf
[19] Yu P, Hu B, Shi ZL, Cui J. Geographical structure of bat SARS-related coronaviruses. Infect Genet Evol. 2019 Apr;69:224-229. doi: 10.1016/j.meegid.2019.02.001.
[20] “This Shouldn’t Happen”: Inside the Virus-Hunting Nonprofit at the Center of the Lab-Leak Controversy. Vanity Fair; March 31, 2022.
[21] Marion Koopmans vanuit Wuhan: ‘Zal altijd een groep zeggen: zie je wel, ze houden informatie achter’. Algemeen Dagblad; 3 februari 2021.